O Programa de Pós-Graduação em Ciências Ambientais, surgiu do anseio do Prof. Robson Andreazza em criar o primeiro curso de pós-graduação Strito sensu, no Centro de Engenharias da Universidade Federal de Pelotas. Ele em convergência com os esforços de um grupo de trabalho de professores lotados em sua grande maioria, do Curso de Engenharia Ambiental e Sanitária e do Curso de Engenharia Agrícola, um grupo de 11 pessoas: Profª. Andréa Souza Castro, Profª. Gizele Ingrid Gadotti, Prof. Maurizio Silveira Quadro, Profª. Diuliana Leandro, Prof. Érico Kunde Corrêa, Profª. Simone Pieniz , Profª. Luciara Bilhalva Corrêa, Profª. Tirzah Moreira de Melo, Profª. Daniela Buske, Profa. Rubia Flores Romani, Prof. Hugo Alexandre Soares Guedes deram origem a proposta do mestrado junto a CAPES.

A concepção do programa ocorreu em outubro de 2016, e sua primeira turma iniciou suas atividades em 05 de abril de 2018 com a aula inaugural.  A primeira turma, que abriu as atividades do programa no primeiro semestre de 2017 era composta por 15 alunos. O primeiro coordenador do PPGCAmb foi o Prof. Robson Andreazza e a coordenadora adjunta Profª. Gizele Ingrid Gadotti.  Ainda no ano de 2018 juntaram-se ao grupo o Prof. Darci Gatto e o Prof. Rafael Beltrame.