O PPGZ demonstra intercâmbio nacional com diferentes entidades públicas ou privadas que demonstram interesse no desenvolvimento de pesquisas na área de produção animal. As iniciativas destas entidades em conjunto se traduzem por projetos de pesquisas realizados em diferentes infraestruturas e mão-de-obra, utilização de banco de dados (em associações de criadores).
Em determinadas circunstâncias há possibilidade, bem como o PPGZ vem estimulando estas iniciativas, do direcionamento de pesquisas de acordo com demandas específicas do setor privado. Com isso existe a possibilidade maior de apoio financeiro por aquelas entidades às pesquisas e também por um aumento da inserção dos egressos do Programa nas empresas parceiras.
Os convênios e intercâmbios com entidades públicas nacionais vinculadas ou não à pesquisa ocorrem nas diferentes atuações do Programa. Entidades como Embrapa, Secretarias de Agricultura e Prefeituras participam especificamente de acordo com seus interesses em projetos de pesquisa que visam a aplicação direta dos resultados de pesquisas geradas no PPGZ no campo prático e adequação imediata destas novas tecnologias. Em especial a Embrapa possui histórico de cooperação com o PPGZ na participação da formação de seus alunos, bem como diretamente em interações de pesquisa conjunta com o Programa. Nos últimos anos o PPGZ conta com dois pesquisadores da empresa em seu quadro docente atuando diretamente na orientação de alunos de pós-graduação e graduação, propiciando a participação em editais específicos e fomento à pesquisa que de forma conjunta contemplam as áreas de interesse do Programa.
O PPGZ tem sólida parceria com a EMBRAPA. Nos último ano seis projetos (mestrado e douotrado) foram executados e tiveram sua finalização com consequente defesa de tese ou dissertação dentro desta cooperação. Neste sentido, estudantes do Programa reaizara suas pesquisas de campo utilizando a estrutura da EMBRAPA suínos e aves, pecuária sul e clima temperado. Com isso, pesquisadores daquela instituição orientam e co-orientam estudantes do PPGZ, bem como ministram parte de disciplinas da pós-graduação, como também possibilitam a execução de estágios e vivência de formação de alunos da graduação da nossa universidade através destes projetos em conjunto.
Em 2018 foi consolidado o convênio e parceria mútua entre a UFPel (PPGZ) e a EMBRAPA Suínos e Aves com sede em Concórdia – SC. Deste modo, há possibildiades de maior incremento e participação em projetos conjutos entre as duas entidades, realização de experimentos e utilização das demais estruturas daquela instituição de pesquisa, bem como a realização de estágios dos pós-graduandos do programa e graduandos vinculados aos projetos de pesquisa.