O Programa de Pós-Graduação em Ensino de Ciências e Matemática – Mestrado Profissional da Universidade Federal de Pelotas é um Curso Interunidades, que está sob jurisdição administrativa da Faculdade de Educação, mas também reúne docentes e utiliza espaços físicos do CCQFA (Centro de Ciências Químicas, Farmacêuticas e de Alimentos), do IB (Instituto de Biologia) e do IFM (Instituto de Física e Matemática).