Em relação à organização e estrutura funcional, o Ceihe subdivide-se em dois setores com atuação relativamente diferenciada, mas estreitamente interligada: um centro de documentação e um centro de pesquisa.

Enquanto centro de pesquisa, o Ceihe tem como objetivos: fomentar a pesquisa historiográfica; desenvolver investigações individuais e coletivas sobre diversos temas no campo historiográfico educacional; proporcionar pesquisas e estudos comparados; produzir trabalhos científicos e divulgá-los em diferentes fóruns; manter sessões de estudos de caráter teórico-metodológico; promover debates e seminários específicos; dar suporte aos alunos durante a fase de preparação de monografias, artigos, dissertações e teses.

Enquanto centro de documentação enfatiza a história da educação, em particular a história da educação da região. Neste sentido, procura recuperar a memória da história da educação regional preservando todo o tipo de material e constituindo acervos documentais temáticos; disponibilizar o acervo documental – fontes impressas, manuscritas e iconográficas; constituir um acervo de dissertações e teses produzidas no campo da história da educação; reconstituir a materialidade das rotinas e do cotidiano escolar: carteiras escolares, mesas, lousas, lápis, canetas, palmatórias, cadernos escolares, manuais escolares; recolher e catalogar materiais doados por instituições ou pessoas; promover exposições e mostras sobre história da educação.

Como Centro de Documentação, o primeiro desafio foi vencer a exiguidade do espaço físico. No entanto, desde 2001 o espaço físico tem sido ampliado e, atualmente, o acervo se constitui de alguns milhares de títulos, de modo especial, manuais e textos escolares. O acervo encontra-se em processo de catalogação e classificação no sistema Winisis, devendo estar disponibilizado em pouco tempo online.

Em relação à cultura material escolar o acervo do centro de documentação disponibiliza ao investigador em história da educação, carteiras escolares, ardósias, coleções de lápis, tinteiros, borradores, cadernos escolares, canetas, penas, estojos, flâmulas, boletins, cadernetas, materiais para as aulas de desenho, entre outros objetos que nos permitem compreender aspectos dessa cultura material.

A partir da conquista de um espaço físico mais adequado para o Centro de Documentação1 estabeleceu-se um planejamento estratégico com objetivo de consolidalo em um prazo de cinco anos. Tal procedimento visava concretizar vários aspectos inerentes a um centro com tal natureza, que ainda não possui força de trabalho consentânea a seu múnus como, por exemplo, arquivistas, museólogos, restauradores,  encadernadores. Passos importantes foram executados  tendo como substrato a análise realizada em dois trabalhos de conclusão de curso que tiveram como objeto a criação da identidade visual do Cedoc e sua identidade de comunicação interna.

Este é um aspecto importante, pois permite dar uma maior visibilidade à instituição e vinculá-la melhor a comunidade, atraindo eventuais doações, associações, recepções de acervos em comodato, etc.

A partir do TCC da aluna do curso de design, Elaine Schaab, desenvolveu-se um sistema de visualização que paulatinamente estamos implantando.

Provisoriamente, o Cedoc estrutura-se da seguinte forma: 1º ambiente: recepção; secretaria; sala de pesquisa; espaço expositivo. 2º ambiente: sala de processamento técnico, catalogação; tombamento; higienização; acondicionamento. 3º ambiente: sala de pesquisadores, acervo. 4º ambiente: acervos especiais, acervo de estabelecimentos escolares: Escola Santa Margarida; Escola Salis Goulart; CAVG; Colégio Municipal Pelotense. UFPel acervos pessoais: Acervo Krammer, Acervo Tambara Arriada; Acervo Ceres Bonato, Acervo Bento Gonçalves. 5º ambiente: reserva técnica, recuperação de documentos, setor de digitalização.