O Instituto de Ciências Humanas (ICH) foi criado poucos meses após a fundação da Universidade Federal de Pelotas (UFPEL), através do artigo 14 do decreto 65.881, de 16 de dezembro de 1969, que aprovou o Estatuto da Universidade. Manteve-se exclusivamente como instituto básico, ministrando disciplinas para outras unidades da UFPEL, até 1973.

Em 1973 teve início o Curso de Estudos Sociais, Licenciatura em Moral e Cívica. A portaria 964, de 31 de dezembro de 1980, autorizou o funcionamento das Licenciaturas Plenas em História (reconhecida pela Portaria 171, de 7 de março de 1986) e Geografia (reconhecida pela Portaria 319, de 17 de maio de 1989), como complementos à Licenciatura Curta de Estudos Sociais. Em 1984 foi criado o Curso de Filosofia (reconhecido pela Portaria 201, de 7 de fevereiro de 1991).

Em 1990, desativado o Curso de Estudos Sociais e suas licenciaturas, implantaram-se os currículos novos dos cursos de Licenciatura em História e Geografia, ambos com duração de oito semestres. Em 2000 ingressou a primeira turma do Curso de Bacharelado em Economia.

Em 2004, foi implementada a reforma curricular das licenciaturas, que expandiu os cursos de História e Geografia para dez semestres. A partir de 2006, a Licenciatura em Geografia iniciou o retorno para a duração de oito semestres, o mesmo foi feito pela Licenciatura em História em 2011. A Licenciatura em Filosofia passou a integrar o Instituto de Sociologia e Política (ISP), a partir de 2009.

Recentemente, a partir de 2007, foram criados os cursos de Bacharelado em Museologia e Bacharelado em Conservação e Restauro de Bens Móveis. Atualmente o ICH oferta os seguintes cursos de graduação: Licenciatura em Geografia, Bacharelado em Geografia, Licenciatura em História, Bacharelado em História, Bacharelado em Economia, Bacharelado em Conservação e Restauro de Bens Móveis, Bacharelado em Museologia, Bacharelado em Antropologia e Bacharelado em Arqueologia.

Com a transferência do Curso de Especialização em Ciências Sociais para o ISP, a implementação dos cursos de pós-graduação no ICH se iniciou em 1997, com a primeira turma de Especialização em Filosofia, que mais tarde passaria também para o ISP. Atualmente, o ICH conta os seguintes cursos de pós-graduação em nível de especialização (lato senso): Geografia (criado em 2002), História do Brasil (criado em 2003) e Memória, Identidade e Cultura Material (criado em 2003).

A área da pós-graduação em nível de mestrado passou a ser uma decorrência do aprofundamento da capacidade e da especialização dos profissionais lotados no instituto. O aumento da pesquisa, dos laboratórios e núcleos de estudos fundamentou a criação dos diversos cursos implantados.

Atualmente o ICH conta com os seguintes cursos de pós-graduação em nível de Mestrado (stricto sensu): Mestrado em Memória Social e Patrimônio Cultural, Mestrado em Economia (Organizações e Mercados), Mestrado em História, Mestrado em Antropologia/Arqueologia e Mestrado em Geografia.

Em setembro de 2012 foi aprovado pela CAPES o Doutorado em Memória Social e Patrimônio Cultural.