O Programa de Pós-Graduação stricto sensu em Filosofia da Universidade Federal de Pelotas está alicerçado na história institucional de seu Departamento de Filosofia. Desde sua criação em 24/08/1984, a UFPel mantém um curso de Graduação em Filosofia, em nível de Licenciatura (em 2005 houve a implementação de um Bacharelado, e no ano de 2014 a criação de um curso de Filosofia na modalidade EAD).
No segundo semestre de 1997 surgiu a Pós-Graduação lato sensu com o curso de Especialização em Filosofia Moral e Política. O curso de Pós-Graduação em nível de Mestrado foi criado no ano de 2007 com vistas a atender a uma demanda importante dos anseios da região sul do Rio Grande do Sul, bem como do Uruguai, razão pela qual o Programa manteve intercâmbios com a Universidad Católica del Uruguay (UCU) e com a Universidad de la República (UDELAR). Além desses, também foi firmado um acordo de cooperação com a Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC), que já possuía um Programa de Pós-Graduação consolidado.
A criação do Mestrado em Filosofia, com sua primeira turma a partir de março de 2008, objetivou solidificar, em nível de ensino, as atividades de pesquisa realizadas por seu corpo docente, visando ser um ponto de referência nas investigações a respeito de questões relevantes de filosofia moral e política. Em sua primeira avaliação efetiva, o Programa recebeu conceito 4 da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). No ano de 2013 houve a reativação do Curso de Especialização em Filosofia, e em 2014 (quando o Departamento comemorava seus trinta anos de existência) foi aprovado o Doutorado em Filosofia da UFPel pelo Conselho Científico da CAPES, sendo que suas atividades iniciaram em agosto de 2015.
O Programa conta, atualmente, com 11 professores em seu quadro docente permanente, além de 02 professores colaboradores e 01 professor visitante, todos com atividades de ensino, pesquisa e extensão voltadas para a área de concentração e as linhas de pesquisa do curso.
O Programa está articulado em uma grande área de concentração, Ética e Filosofia Política, com quatro linhas de pesquisa: Concepções de Virtude; Fundamentação e Crítica da Moral; Direito, Sociedade e Estado; e Epistemologia Moral. O Programa conta também com a publicação da Revista Dissertatio, fundada em 1995 (indexada no CLASE, com conceito A2 pelo Qualis/Capes), com a revista Seara Filosófica, editada pelos discentes do PPGFIL a partir de 2009 (classificada no Qualis/Capes com B1), bem como, a partir de 2014, com as Coleções Dissertatio Filosofia, Dissertatio Studia e Dissertatio Incipiens.