A criação do Programa de Pós-Graduação em Educação Física (PPGEF) da Universidade Federal de Pelotas (UFPel) está associada a longa experiência da Escola Superior de Educação Física (ESEF) no oferecimento de cursos de Pós-graduação Lato Sensu, cuja primeira edição ocorreu em 1979. Em 2006 a ESEF obteve da CAPES aprovação para a criação do Curso de Mestrado. A primeira turma deste curso iniciou em março de 2007, com apenas uma área de concentração: “Atividade Física, Esporte e Escola”. No começo de 2011, com a entrada de novos docentes na instituição, o curso foi reestruturado e passou a contar com duas áreas de concentração: “Educação Física, Ciências Sociais e Humanas” e “Atividade Física, Saúde e Desempenho”. Em 2013 elevou seu conceito de 3 para 4 na avaliação trienal da CAPES (2010 – 2012) e, subsequentemente, no ano de 2014, o curso de doutorado iniciou suas atividades (com 14 doutorandos).
Com a criação do curso de doutorado, observou-se a necessidade de estabelecer uma maior coerência entre as áreas de concentração e as linhas de pesquisa existentes no PPGEF. Assim, em 2014 foram reestabelecidas suas duas áreas de concentração: “Biodinâmica do Movimento Humano” e “Movimento Humano, Educação e Sociedade”. A primeira área contemplou as seguintes linhas de pesquisa: “Desempenho e Metabolismo Humano” e “Epidemiologia da Atividade Física”. A segunda área foi constituída por: “Estudos Socioculturais do Esporte e da Saúde”, “Comportamento Motor” e “Formação Profissional e Prática Pedagógica”. Em 2018, foi criada uma terceira linha de pesquisa “Exercício Físico para Promoção da Saúde”, após ser verificada a necessidade de alinhamento das produções intelectuais na área de Biodinâmica do Movimento Humano. No ultimo quadriênio o Programa foi avaliado pela Capes como Conceito 5  e seu Colegiado conta com 26 docentes (18 permanentes e 8 colaboradores).