O estágio docente dos pós-graduandos ocorre dentro do PPGO na forma de disciplina obrigatória, com duração mínima de dois semestres para não-bolsistas, enquanto bolsistas cumprem estágio de docência durante todo o decorrer da duração da bolsa. O estágio de docência para o Mestrado está organizado de forma sequencial, em que os discentes no Estágio de Docência I estudam o PDI da UFPel e de outras instituições do Brasil, o PPC do curso de Odontologia da UFPel e de outros cursos do Brasil, e trabalham as bases da docência, como estudo de currículos em Odontologia, elaboração de Planos de Ensino de Disciplinas e Planos de Aula, além de acompanhar diferentes aulas teóricas da graduação.
A partir do Estágio de Docência II, os mestrandos são inseridos no estágio propriamente dito, começando pela menor complexidade na sua área de concentração, e depois evoluindo para os momentos clínicos/teóricos mais avançados. É um momento considerado nobre dentro da formação, na medida em que os discentes atuam dentro das unidades pré-clínicas e clínicas, orientando alunos de graduação, monitorados por seus orientadores e outros professores da escola, o que contribui para a interação do programa com a graduação. Aprendem a orientar, estimulam a graduação a obter excelentes resultados no seu trabalho, participam da avaliação dos trabalhos, ativam o aluno a busca pelo aprendizado e a curiosidade pela pesquisa.
Ao longo dos últimos anos percebeu-se que o estabelecimento desta dinâmica de estágio docente permitiu maior amadurecimento do discente e entendimento do que compreende e qual a finalidade do estágio. No doutorado, a disciplina de estágio docente intitula-se “Estágio de docência e orientação de iniciação científica”, de forma que os doutorandos orientam um ou mais alunos de iniciação científica do curso de graduação, além de realizarem as atividades de orientação nas clínicas e a participação em aulas teóricas.