O Programa de Pós-graduação em Meteorologia foi criado em 1995, sendo credenciado pela Universidade Federal de Pelotas em 1997. O curso com as atuais linhas de pesquisa foi credenciado pela CAPES no ano 2000, iniciando suas atividades em 2001.

Possui conceito 3 na última avaliação da CAPES (2020).