PPGBiotec da UFPel amplia pesquisas em genômica do câncer através do INCT Bio² Biodescoberta Translacional e Biomodelos

Entre 25 e 28 de agosto, o Laboratório de Biotecnologia do Câncer (LBC) realizou treinamento para o uso do sequenciador de nova geração MiSeq i100 Plus, da Illumina. O laboratório é vinculado ao Grupo de Pesquisa em Oncologia Celular e Molecular (GPO) e ao Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia da Universidade Federal de Pelotas (PPGBiotec/UFPel).

O GPO integra a rede de pesquisadores do Instituto, formada por grupos de diferentes instituições brasileiras. A rede atua em biodescoberta, inovação em saúde, pesquisa translacional e desenvolvimento de biomodelos.

A aquisição do equipamento MiSeq i100 plus, amplia a colaboração do PPGBiotec e do GPO com pesquisadores da Universidade de São Paulo (USP) e da Universidade Federal do Ceará (UFC), instituições parceiras em projetos do INCT T-Bio².

Instalado no LBC, o MiSeq i100 Plus será utilizado em pesquisas do INCT T-Bio², do GPO e do PPGBiotec, além de projetos desenvolvidos em parceria com a USP e a UFC. O treinamento foi conduzido por um especialista da Illumina. A programação abordou os princípios do sequenciamento de nova geração (Next-Generation Sequencing – NGS), suas aplicações e o funcionamento do equipamento. A equipe também foi capacitada para preparar bibliotecas, operar o sequenciador, acompanhar as corridas e avaliar a qualidade inicial dos dados.

Participaram das atividades os professores Fabiana Seixas, Thaís Larré, Priscila de Leon, Tiago Collares e Frederico Kremmer, as pós-doutorandas Bruna Pacheco e Fernanda Sousa, além de estudantes de graduação e pós-graduação vinculados ao LBC ao GPO e PPGBiotec.

Aplicações em oncologia comparativa

O equipamento permite analisar regiões do DNA e do RNA, identificar variantes e mutações e investigar alterações associadas ao desenvolvimento e à progressão dos tumores. Os dados também podem contribuir para a identificação de biomarcadores, alvos terapêuticos e mecanismos de resistência aos tratamentos.

Para a professora Fabiana Seixas, o MiSeq amplia as pesquisas do GPO em oncologia comparativa ao permitir a identificação de marcadores tumorais e de novos alvos terapêuticos. “Esses achados poderão ser avaliados em biomodelos celulares e animais, contribuindo para a prospecção e a análise de novos fármacos. Por ser uma plataforma de uso compartilhado, o equipamento também apoiará outros grupos em estudos genômicos de micro-organismos e em diferentes aplicações biotecnológicas”, destaca.

Uma das linhas de pesquisa envolve a comparação entre tumores humanos e caninos, especialmente o melanoma. O objetivo é identificar mutações, vias moleculares e mecanismos biológicos compartilhados entre as espécies. Por se desenvolverem espontaneamente, os tumores em cães podem contribuir para aproximar a pesquisa experimental da oncologia humana. Os estudos também podem revelar alterações com potencial diagnóstico, prognóstico ou terapêutico.

A colaboração com grupos da USP e da UFC amplia a capacidade de análise e integra conhecimentos em genômica, bioinformática, oncologia experimental e medicina translacional.

Genômica orienta o desenvolvimento de biomodelos

O MiSeq i100 Plus também será utilizado na construção e na caracterização de modelos suínos geneticamente humanizados para pesquisas em câncer.

Um dos focos é o câncer de bexiga, área em que o grupo desenvolve estudos com modelos Oncopig e tecnologias de edição gênica. O sequenciamento permitirá identificar alterações relevantes em tumores humanos e utilizar essas informações para orientar a geração e a validação de modelos experimentais mais semelhantes à doença humana.

Para o professor Tiago Collares, a plataforma aproxima a genética dos tumores do desenvolvimento de novos biomodelos.

“Queremos aproximar cada vez mais o genoma do paciente do biomodelo experimental. A possibilidade de identificar mutações relevantes no câncer de bexiga e utilizar essas informações para orientar a geração de Oncopigs geneticamente humanizados cria uma ponte direta entre a genômica do tumor humano e o desenvolvimento de modelos pré-clínicos mais representativos. Ao mesmo tempo, poderemos investigar quais alterações são compartilhadas entre tumores humanos e caninos, especialmente no melanoma, fortalecendo uma verdadeira abordagem de oncologia comparativa. A colaboração com pesquisadores da USP e da UFC amplia essa capacidade, permitindo integrar diferentes expertises e construir projetos mais abrangentes e translacionais.”

A estratégia permite utilizar os dados genômicos não apenas para caracterizar os modelos, mas também para orientar sua construção. Com isso, os biomodelos poderão reproduzir alterações moleculares mais próximas daquelas observadas nos pacientes.

Formação e integração científica

O treinamento amplia a autonomia de estudantes e pesquisadores para planejar experimentos, preparar amostras, realizar sequenciamentos e analisar os dados gerados.

A plataforma apoiará pesquisas em biotecnologia, oncologia, bioinformática, medicina veterinária e biologia molecular. Também contribuirá para a formação de estudantes e jovens pesquisadores nas diferentes etapas do trabalho com genômica.

A parceria com equipes da USP e da UFC favorece o desenvolvimento de projetos colaborativos, o compartilhamento de conhecimentos e a integração entre centros de pesquisa.

Adquirido pelo INCT T-Bio² com recursos do CNPq, o equipamento consolida uma infraestrutura compartilhada para estudos em genômica, oncologia comparativa, biodescoberta translacional e desenvolvimento de biomodelos.

Com o MiSeq i100 Plus, o PPGBiotec e o GPO ampliam sua capacidade de transformar dados genômicos em conhecimento aplicado e de desenvolver modelos experimentais mais representativos para a investigação do câncer.