O museu possui basicamente espécimes de História Natural, dividindo seu acervo entre a coleção cientifica e a didática para exposição.

• A coleção cientifica possui dados referenciados, podendo ser utilizada em estudos científicos mais consistentes. O referente acervo está depositado no Laboratório de Zoologia (Departamento de Zoologia e Genética – Instituto de Biologia – Universidade Federal de Pelotas).
• Já a coleção para exposição não possui um caráter cientifico, por não possuir seus dados de coleta completos. Está totalmente acessível ao público, em exposição. Uma pequena parte, cerca de 5% – está na sala destinada a reserva técnica.

O acervo está dividido em 7 tipologias:

1. Acervo Ornitológico: exemplares de aves taxidermizadas.
2. Acervo entomológico: maioria dos exemplares do acervo do museu, com cerca de 1200 espécies.
3. Acervo Mastozoológico: exemplares taxidermizados e material ósseo. 40 peças taxidermizadas.
4. Acervo Herpetológico: exemplares de anfíbios, lacertílios, serpentes e crocodilianos taxidermizados.
5. Acervo Paleontológico: nascido a partir das necessidades oriundas da criação do curso de Ciências Biológicas da UFPel. Grande parte das peças é originária de permutas com outras instituições científicas, como UFRGS, UCS e UFSM, outras obtidas por coletas e por doações.
6. Acervo Malacológico: totalmente composto por material científico, proveniente de coletas e doações, depositado no Laboratório de Zoologia (Departamento de Zoologia e Genética – Instituto de Biologia – Universidade Federal de Pelotas).
7. Acervo Aracnológico – composto por aracnídeos.

Publicações e pesquisas

O MCNCR está à disposição de pesquisadores das mais diversas áreas e níveis de formação, que estejam interessados em utilizar o acervo para seus estudos.