O Mestrado Acadêmico em Ciência da Computação do PPGC-UFPel, oferece formação stricto sensu na área de Ciência da Computação, dentro de uma das linhas de pesquisa do Programa. Tem duração típica de dois anos e ingresso no primeiro semestre de cada ano, com número de vagas definido no edital de cada ano.
Ao ingressar no curso de Mestrado em Ciência da Computação, o aluno, sob supervisão de um professor orientador, se especializará em um tema da Ciência da Computação, de acordo com a linha de pesquisa escolhida. Durante a formação, acompanhará disciplinas com relevância ao seu tema, executará atividades de docência orientada, executará e publicará pesquisas na área e, ao final do curso, apresentará uma dissertação, fruto de sua pesquisa, para avaliação pelo Programa.
O curso de Mestrado foi criado em 2010 e teve seu primeiro ingresso em 2011.