O Doutorado em Ciência da Computação do PPGC-UFPel, oferece formação stricto sensu na área de Ciência da Computação, dentro de uma das linhas de pesquisa. Recomendado em 2015 pela CAPES, foi o primeiro Doutorado na área no interior do Rio Grande do Sul.
Ao ingressar no curso de Doutorado em Ciência da Computação, o aluno, sob supervisão de um professor orientador, se especializará em um tema da Ciência da Computação, de acordo com a linha de pesquisa escolhida. Durante a formação, acompanhará disciplinas com relevância ao seu tema, executará atividades de docência orientada, executará e publicará pesquisas na área. Ao final do curso, tipicamente com duração de quatro anos, apresentará uma tese, fruto de sua pesquisa, para avaliação pelo Programa.