O histórico de criação do PPGeo está diretamente relacionado às transformações vivenciadas pelos cursos de Graduação em Geografia da UFPel.

A partir do segundo semestre de 2007, apoiado pelas políticas públicas de criação de novos cursos e de expansão do ensino superior no Brasil, o Departamento de Geografia, que possuía apenas o curso de Licenciatura em Geografia, criou um novo curso de graduação: o Bacharelado em Geografia. Para atender às demandas deste novo novo curso, houve o ingresso de sete novos professores no Departamento de Geografia, todos portadores de título de Doutorado. Assim, reuniram-se as condições necessárias para o início da discussão de um curso de pós-graduação em Geografia em nível de Mestrado.

As discussões sobre a criação do Mestrado em Geografia se deram ao longo dos anos de 2010 e 2011, quando foi formatada a proposta apresentada à CAPES. A proposta de criação do PPGeo passou por alguns ajustes, tendo sido posteriormente aprovada, e o curso recebeu a sua portaria de funcionamento em 11 de abril de 2012. O primeiro processo seletivo foi realizado no início do segundo semestre de 2012, e desde então, o PPGeo vem realizando seleções anuais para ingresso de novos alunos.