O Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade Animal (PPGBDiv), do Instituto de Biologia (IB) da UFPel, tem sua gênese no ano de 2013, quando da criação do PPG em Entomologia no Instituto. O Programa, desde sua concepção, agregava docentes e pesquisadores/as do IB e da Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel (FAEM), por parte da UFPel, bem como pesquisadores e pesquisadoras da EMBRAPA Clima Temperado, estabelecendo-se assim um grupo de pesquisa voltado para o esforço colaborativo no estudo dos insetos. O Programa possuía em suas linhas de pesquisa as temáticas de: (1) ‘Biologia e Ecologia de Insetos’, a qual contemplava estudos de natureza mais básica, voltados para um maior entendimento de questões relativas à morfologia, fisiologia, comportamento, evolução, entre outras, dos insetos; e (2) ‘Manejo Integrado de Insetos’, a qual buscava integrar conhecimentos básicos sobre os insetos com estratégias de controle e manejo de espécies, e de suas populações, com status de pragas, predominantemente fundamentando-se na lógica do Manejo Integrado de Pragas (MIP). O PPG em Entomologia, com seu caráter integrador entre as áreas de Ciências Biológicas e Agrárias, encontrava-se vinculado à área de avaliação de Ciências Agrárias I da CAPES.

Pouco depois e paralelamente, também no Instituto de Biologia da UFPel, iniciaram-se as discussões para a criação de um Programa de Pós-Graduação voltado para o estudo da diversidade e evolução animal, o qual foi implementado em 2015, constituindo-se assim o PPG em Biologia Animal. O corpo docente do Programa, composto por professores/as e pesquisadores/as de diferentes áreas da Biologia, incluindo Anatomia, Ecologia, Genética, Zoologia, entre outros, eram vinculados principalmente à UFPel, mas também contando com a parceria e colaboração da Universidade Federal de Rio Grande (FURG). O PPG possuía uma única linha de pesquisa, denominada de ‘Biologia Animal’, a qual contemplava primariamente estudos de caráter básico da fauna, com ênfase na diversidade animal da região do Pampa, embora contemplando também outros biomas brasileiros, com um princípio norteador não apenas de aumentar e qualificar o conhecimento sobre a biodiversidade, mas também com o intuito de fornecer subsídios para estratégias e programas de manejo e conservação. O PPG, primariamente voltado para estudos da área de Ciências Biológicas, se encontrava na área de avaliação de Biodiversidade da CAPES.

Os PPGs em Biologia Animal e Entomologia, durante seus anos de atuação, tiveram êxito na formação de um número significativo de estudantes, no nível de mestrado (único nível de titulação dos dois programas, ambos com conceito 3 na CAPES). Em ambos os casos, destaca-se o papel dos PPGs na formação de recursos humanos qualificados e aptos a atuar em diferentes vertentes para a região do extremo sul do Brasil, na qual se localiza o Programa.

Em 2018, a partir da Publicação da Portaria CAPES nº 256/2018, a qual regulamentava os processos para formas de atuação associativas entre Programas de Pós-Graduação no Brasil, incluindo a fusão de programas, os dois PPGs do IB/UFPel iniciaram discussões internas e, posteriormente, de forma conjunta, para avaliação dos cenários interno e externo, e avaliar a viabilidade de uma fusão entre os Programas. Por tratarem de temas correlatos, por vezes com possibilidades vistas como extremamente positivas de complementação entre suas vertentes de atuação, os Programas então decidiram por encaminhar a proposta de fusão à CAPES, a qual foi elaborada com anuência e apoio da Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação (PRPPG) da UFPel, sendo a mesma submetida no ano de 2021. Com o retorno positivo da CAPES, surge assim o Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade Animal da UFPel, o qual inicia suas atividades no ano de 2022. Trata-se de um Programa ‘novo’, com uma proposta que combina, de forma sinérgica, as áreas de atuação dos programas de origem, trazendo consigo a experiência e a expertise de dez anos de atuação no ensino e pesquisa no âmbito da Pós-Graduação.