A Universidade Federal de Pelotas instituiu um museu de Arqueologia e Antropologia no ano de 2009, por meio do reconhecimento de uma comissão de implantação (portaria UFPel no. 759 de 18 de maio de 2009).
O futuro museu tem como missão institucional o fomento à pesquisa arqueológica e antropológica, a sistematização, divulgação e incentivo do interesse público acerca do patrimônio arqueológico e etnológico, e de suas interpretações. Considera, sobretudo, sítios, registros e acervos que testemunham a presença ameríndia, a escravidão e seus efeitos sociais na região de Pelotas.
Para tanto, deve contar com uma estrutura mínima constituída de espaços expositivos de longa e curta duração, setor educativo, laboratório de conservação, além de espaços de acolhimento, convivência e pesquisa que permitam integrar ações relativas a distintas formações acadêmicas, e o prematuro contato com as especialidades profissionais características de qualquer museu.
Evitar a cisão categórica entre pré-história e períodos mais recentes também está entre as metas da instituição, o que requer o esforço em reunir a formação de especialistas a demandas sociais atuais, possibilitando aos visitantes, colaboradores externos e espectadores de mostras itinerantes a participação nas aulas e projetos de pesquisa cujo desenvolvimento se dará diante de seus olhos.