O Programa de Pós-Graduação em Fisiologia Vegetal stricto sensu foi criado em 1995 com o objetivo de apoiar as pesquisas concernentes às inter-relações de fatores do metabolismo, crescimento e desenvolvimento de espécies vegetais. A inexistência, na época, de cursos em nível de mestrado na área, possibilitou a implementação de um polo de pesquisa visando à capacitação qualificada de recursos humanos engajados, tanto no ensino, como na pesquisa dos aspectos fisiológicos de plantas. A consolidação das linhas de pesquisas em Fisiologia Vegetal e a formação de um centro de excelência no estado do Rio Grande do Sul proporcionaram, desde então, estudos relevantes para o desenvolvimento do agronegócio da região Sul do Brasil.
Como consequência da boa aceitação do curso, em nível de Mestrado, o programa foi ampliado em 2004, com a instituição do grau de Doutorado. Durante o período de funcionamento do programa foram titulados 111 Mestres e 20 Doutores. Atualmente, estão matriculados 35 discentes, sendo 16 em nível de Mestrado e 21 em nível de Doutorado.
Desde o início das atividades do Programa de Pós-Graduação em Fisiologia Vegetal existe interação e cooperação com o Centro de Pesquisa Agropecuária de Clima Temperado – CPACT, através de convênio firmado entre a EMBRAPA e a UFPel no ano de 1995, possibilitando o intercâmbio de recursos humanos e científicos visando o desenvolvimento de pesquisas de ponta na área da fisiologia vegetal. Convém salientar que o Programa conta com o apoio da CAPES e CNPq, quanto ao fornecimento de bolsas de estudos.