Embora a Universidade Federal de Pelotas tenha sido criada oficialmente em 08 de agosto de 1969, através do decreto-lei nº 750, o embrião da Editora e Gráfica Universitária remonta ao ano de 1960, segundo dados extraoficiais, quando em três órgãos – o Departamento de Informação e Divulgação Agropecuária (Dida), a Universidade Rural e o Instituto de Pesquisas Agropecuárias do Sul (Ipeas), atividades eram desenvolvidas de forma conveniada.
O Dida, a Universidade Rural e o Ipeas, em conjunto, eram responsáveis pela publicação interna de boletins agrometeorológicos e de sistemas de produção, gráficos, folhetos, cartazes e outros tipos de impressões.
Em meados de 1972, já na UFPel, surge a Imprensa Universitária, ligada ao Gabinete do Reitor e que funcionava no prédio do antigo Liceu. Nesse período foram adquiridos os primeiros equipamentos, dos quais alguns ainda têm condições de funcionar, embora obsoletos. Em 1983 foi criado o CID (Centro de Informação e Documentação), vinculado à Pró-reitoria Administrativa, integrado pela Biblioteca Central e Editora e Gráfica Universitária. Em 1990, como unidade da Pró-reitoria de Extensão e Cultura, passou a funcionar no prédio da Lagoa Mirim, na Rua Lobo da Costa, 447, no centro de Pelotas.
Atualmente faz parte do Núcleo de Editora e Livraria da UFPel (NELU), ligado ao Gabinete do Vice-Reitor. Localizado na Rua Benjamin Constant, 1071, antigo prédio da cervejaria Brahma, o Núcleo é responsável por receber, avaliar (a partir de seu conselho e pareceristas ad hoc) propostas de publicação de trabalhos nas plataformas impressa e digital, revisar, diagramar, catalogar, publicar, divulgar e comercializar obras de valor científico e cultural relacionadas com a produção de ensino, pesquisa e extensão da Universidade, assim como também de autores em geral em consonância com a proposta acadêmica e editorial da Instituição.
Com uma média anual de 30 títulos novos, além de reedições de obras, a Editora é associada à ABEU – Associação Brasileira de Editoras Universitárias, que congrega hoje 112 editoras universitárias distribuídas no País.