Organizando as referências bibliográficas em seu relatório

Digamos que você esteja fazendo um relatório científico como seu trabalho de conclusão de curso, sua dissertação ou tese. Há maneiras mais simples de incluir suas referências bibliográficas do que a forma que você faz hoje? Existem programas interessantes para isto e um deles é o Mendeley. Um bom tutorial, em português, está aqui.