Desde seu surgimento em 2004, sendo o curso de pós-graduação em microbiologia e parasitologia mais austral do Brasil foi criado inicialmente o curso de Mestrado com conceito 3 e, logo após a primeira avaliação no triênio 2004-2006 passou a conceito 4. Em 2010 começam as atividades do curso de Doutorado com conceito 4.