O Programa de Pós-graduação Multicêntrico em Ciências Fisiológicas (PPGMCF) em nível de mestrado e doutorado é credenciado pela CAPES com conceito 4 e iniciou suas atividades em março de 2009. Este Programa é coordenado pela Sociedade Brasileira de Fisiologia e tem como o principal objetivo promover o fortalecimento e a expansão da Pós-Graduação em Fisiologia no Brasil. O PPGMCF está estabelecido pela associação de pesquisadores distribuídos em instituições onde a implantação de programas independentes ainda não é possível (Instituições Associadas) e pesquisadores de programas de Pós-Graduação consolidados (Instituições Nucleadoras), fortalecendo, dessa forma, as instituições associadas para serem capazes de trilhar seus caminhos de forma independente.

Atualmente, o Programa, regido por regulamento próprio que segue as normas gerais da Pós-Graduação do país e da CAPES, é coordenado por Colegiados Administrativos Locais e um Colegiado Geral e é constituído por docentes das Instituições Nucleadoras (UFMG, USP-SP-ICB, USP-RP, USP-SP-IB, UFRJ, UFRGS) e Associadas (UEL, UERN, UNIFAL, UFSC, UFRRJ, UFRJ, UNESP, UFBA, UFVJM, UFG, UFPB, UNIPAMPA, UFPel, UFPE).

Os estudantes do programa podem ser assistidos por dois orientadores, um pertencente à Instituição Associada, e outro pertencente a uma das Instituições Nucleadoras.  Os estudantes são matriculados na instituição de vínculo do orientador da Instituição Associada, onde realizam boa parte do trabalho de dissertação ou tese entre outras atividades inerentes ao Programa.  Os estudantes escolhem a(s) Instituição(ões) Nucleadoras para cursar as disciplinas necessárias para integralizar a carga horária exigida, de acordo com um elenco de disciplinas nas Instituições credenciadas pelo programa.

A Universidade Federal de Pelotas foi aceita como instituição associada ao PPGMCF em outubro de 2020, e em maio de 2021, o Curso foi oficialmente criado na Universidade.