O Desafio Pré-Universitário Popular possui uma estrutura organizacional composta por diferentes coordenações, cada uma com funções específicas para o funcionamento do projeto. Entre as principais estão:

• Coordenação Institucional: Servidor público que representa a UFPel internamente. É responsável por cumprir demandas administrativas, auxiliar na organização de processos seletivos de bolsistas, mediar conflitos.
• Coordenação Geral: Composta por três membros titulares e dois suplentes, eleitos pelos colaboradores. Gerencia os órgãos subordinados à coordenação e tem o papel de zelar pelo cumprimento das disposições do Regimento Interno, além de promover atividades extracurriculares e culturais. Participa das seleções de colaboradores e educandos, além de organizar Assembleias Gerais e reuniões.
• Coordenação Pedagógica: Composta por até quatro membros, tem como função principal oferecer suporte pedagógico aos educadores e educandos, além de elaborar Ciclos de Formação para educadores populares. Também é responsável pelo acompanhamento pedagógico e pela formação contínua dos educadores.
• Coordenações de Área: Cada área de conhecimento (Atualidades, Matemática, Física, Química, Biologia, Letras, Geografia, História, Filosofia, Sociologia)  possui uma coordenação que organiza os planos de ensino e de aulas e a seleção de educadores das áreas. A Coordenação de Área também lida com a mediação de conflitos e organiza atividades relacionadas à área de ensino.

Essas coordenações trabalham de forma integrada para garantir o bom andamento das atividades, promover formações, gerenciar os colaboradores e educandos, e assegurar o cumprimento dos objetivos do projeto.​

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A Secretaria do Desafio desempenha um papel essencial na organização e suporte administrativo do projeto. Suas principais responsabilidades incluem:

• Gestão de Documentos: Organiza e gerencia documentação relativa ao projeto, mantendo-os acessíveis e atualizados.
• Atendimento: Faz o atendimento ao público em geral, bem como dos educandos e colaboradores dando o suporte necessário para a realização das atividades do projeto, o que facilita a integração da comunidade com a universidade, criando um ambiente de acesso aberto.
• Comunicação: Gerencia o e-mail, envia informes internos para os colaboradores e mantém atualizadas as atas das reuniões, além de divulgar informações relevantes pelas redes sociais do Desafio.
• Gestão de Materiais: Administra o patrimônio do projeto, incluindo materiais didáticos e recursos multimídia. Também é responsável pelo acervo literário e o controle de empréstimos de livros aos colaboradores e educandos.
• Design e Divulgação: Cria artes e materiais gráficos de acordo com a identidade visual do projeto, utilizados na divulgação de seleções, atividades e eventos.
• Apoio Logístico: A Secretaria também é responsável pela manutenção do acervo histórico do projeto, organizando artigos, dissertações e demais produções que ajudam a preservar a memória do Desafio.

Essa estrutura de trabalho é fundamental para garantir o bom funcionamento diário do projeto, facilitando a comunicação entre os colaboradores e o público, além de assegurar o registro adequado das atividades e a organização do acervo do programa.

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