O Programa de Pós-Graduação stricto sensu em Filosofia da UFPel está alicerçado na história institucional de seu Departamento de Filosofia. Desde 1984, o departamento mantém um curso de Graduação em Filosofia (Licenciatura), atualmente desdobrado em licenciatura e bacharelado e, a partir de 1997, implantou a pós-graduação lato sensu com o curso de especialização em Filosofia Moral e Política. O curso de pós-graduação em nível de Mestrado surgiu em 2007 com vistas a atender a uma demanda importante dos anseios comunitários da região sul do estado do Rio Grande do Sul, bem como do Uruguai. Para fortalecer os laços com o Uruguai, com vistas à integração regional, a UFPel firmou convênio com a Universidade Católica do Uruguai (UCU) prevendo o intercâmbio docente com o curso de Mestrado em Filosofia da UFPel. Além deste, também foi firmado acordo de cooperação com a Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC), que já possui um programa de pós-graduação em filosofia consolidado.
A criação do curso de Mestrado em Filosofia teve por objetivo consolidar, em nível de ensino, as atividades de pesquisa realizadas por seu corpo docente ao longo dos últimos anos, visando ser um ponto de referência nas investigações a respeito das questões relevantes de filosofia moral e política em autores como Platão, Aristóteles, Agostinho, Anselmo, Tomás de Aquino, Descartes, Kant, Hegel, Nietzsche, Habermas, Rawls, Wittgenstein, entre outros. O Programa conta com 10 professores em seu corpo docente permanente, além de 3 professores colaboradores, todos com atividades de pesquisa, ensino e extensão voltadas para a área específica.
O curso está articulado em uma grande área de concentração, Ética e Filosofia Política, com três linhas de pesquisa: Concepções de Virtude, Fundamentação e Crítica da Moral e Direito, Sociedade e Estado, que refletem a história da pesquisa do Departamento de Filosofia da UFPel. O Programa conta com a publicação da Revista Dissertatio, fundada em 1995 e indexada no CLASE, com conceito A2 pelo QUALIS/CAPES. Além disso, conta com a Coleção Dissertatio Filosofia que propicia a divulgação das pesquisas de seu corpo docente.