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Espaço

O espaço do LIG contém 20 computadores com acesso à internet e diversos programas, nos sistemas operacionais Windows e Linux.

 

Alguns dos programas e recursos disponíveis são:

Avogadro: Programa para desenhar estruturas e cálculo simples de propriedades moleculares. Tutorial

 

 

Linux: Aprenda o básico sobre o uso do terminal do Linux.

Tutorial 1 | Tutorial 2

 

 

ORCA: Programa para cálculos de estrutura eletrônica.

Tutorial 1 | Tutorial 2 | Tutorial 3 | Funcionais | Funções de base

 

 

GROMACS: Programa para cálculos de dinâmica molecular.

Tutorial 1 | Tutorial 2

 

UCSF Chimera: Sistema de modelagem molecular e visualização.

Tutorial básico 1 | Tutorial básico 2 |

Tutorial de modificação de resíduos 1 e Parte 2 | Modeller

 

Gabedit: Software para visualização e preparação de arquivos.

Tutorial 1 | Tutorial 2 | Tutorial 3

 

DinEMol: Dinâmica de elétrons em moléculas, código desenvolvido no grupo de mesmo nome que realiza cálculos de dinâmica molecular e eletrônica. Grupo | Programa | Guia

 

 

 

PyMOL: Software para visualização e edição de estruturas moleculares. Tutorial 1 | Tutorial 2

 

 

PSI4: Software para cálculos de estrutura eletrônica. Tutorial

Funcionais  |  Funções de base  |  Critérios de convergência

 

 

RDKit: Ferramentas para Quimioinformática e aprendizagem de máquina. Docs | Instalação | Tutorial | ML básico | SMILES

 

 

 

Links úteis:

PDB-101: Tutorial sobre o formato PDB.

SWISS-MODEL: Servidor para modelagem de estrutura e homologia de proteínas.

I-TASSER: Servidor para a predição de estrutura e função de proteínas. Tutorial

OPM: Servidor para arranjos de proteínas em bicamadas lipídicas.

VMD: Visual molecular dynamics – Programa para visualização e análise de estruturas e trajetórias. Tutorial

AutoDock Vina: Software para docking molecular. Tutorial | Tutorial 2

JANPA: Programa para análise NBO. Guia  |  Orca  |  Psi4Tutorial 1Tutorial 2

Interações alvo-ligante: Protein-ligand Interaction Profiler (PLIP)  |  Protein+  |  Tutorial 1