O espaço do LIG contém 20 computadores com acesso à internet e diversos programas, nos sistemas operacionais Windows e Linux.
Alguns dos programas e recursos disponíveis são:
Avogadro: Programa para desenhar estruturas e cálculo simples de propriedades moleculares. Tutorial
Linux: Aprenda o básico sobre o uso do terminal do Linux.
Tutorial 1 | Tutorial 2 | Redes e clusters
ORCA: Programa para cálculos de estrutura eletrônica.
Tutorial 1 | Tutorial 2 | Tutorial 3 | Funcionais | Funções de base |
GROMACS: Programa para cálculos de dinâmica molecular.
UCSF Chimera: Sistema de modelagem molecular e visualização.
Tutorial básico 1 | Tutorial básico 2 |
Tutorial de modificação de resíduos 1 e Parte 2 | Modeller
Gabedit: Software para visualização e preparação de arquivos.
Tutorial 1 | Tutorial 2 | Tutorial 3
DinEMol: Dinâmica de elétrons em moléculas, código desenvolvido no grupo de mesmo nome que realiza cálculos de dinâmica molecular e eletrônica. Grupo | Programa | Guia
PyMOL: Software para visualização e edição de estruturas moleculares. Tutorial 1 | Tutorial 2
PSI4: Software para cálculos de estrutura eletrônica. Tutorial
Funcionais | Funções de base | Critérios de convergência
RDKit: Ferramentas para Quimioinformática e aprendizagem de máquina. Docs | Instalação | Tutorial | ML básico | SMILES
Links úteis:
PDB-101: Tutorial sobre o formato PDB.
SWISS-MODEL: Servidor para modelagem de estrutura e homologia de proteínas.
I-TASSER: Servidor para a predição de estrutura e função de proteínas. Tutorial
OPM: Servidor para arranjos de proteínas em bicamadas lipídicas.
VMD: Visual molecular dynamics – Programa para visualização e análise de estruturas e trajetórias. Tutorial
AutoDock Vina: Software para docking molecular. Tutorial | Tutorial 2
JANPA: Programa para análise NBO. Guia | Orca | Psi4 | Tutorial 1 | Tutorial 2
Interações alvo-ligante: Protein-ligand Interaction Profiler (PLIP) | Protein+ | Tutorial 1
Python: Linguagem de programação orientada a objetos. Material | Lessons