O Departamento de Engenharia Rural, localizado na ala oeste da FAEM é responsável por ministrar disciplinas aos cursos de Agronomia, Engenharia Agrícola e Zootecnia da Universidade Federal de Pelotas. Desenvolve atividades nas áreas de Construções Rurais, Máquinas Agrícolas, Recursos Hídricos e Geomática