A irmandade entre Pelotas e Colônia do Sacramento foi formalizada por meio do Acordo de irmandade firmado em 29 de outubro de 2005, entre o Prefeito Municipal de Pelotas (Bernardo de Souza) e Secretário Geral da Municipalidade de Colônia (Alfredo Martínez). Este acordo de irmandade visa promover todo tipo de cooperação entre as instituições e a sociedade de ambos os municípios.