A Universidade Federal de Pelotas representa a regional Sul do CEDEPEM, além de ser a sede do centro.

A Universidade Federal Fluminense representa a regional Sudeste do CEDEPEM, por meio do Núcleo de Estudos Avançados do INEST (NEA/INEST/UFF).

Grupo de pesquisa Biodiversidade, Meio Ambiente e Sustentabilidade do Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Pernambuco, Campus Caruaru.

A Universidade de Sevilla, por meio do projeto Marine Plan, é parceira do CEDEPEM nos estudos marítimos e das Ciências Sociais.

O CEDEPEM integra a Rede GlobalCoast como colaboradora do Programa CoastPredict, parte da Década da Ciência Oceânica das Nações Unidas para o Desenvolvimento Sustentável.