O grupo dispõe de um cluster computacional dedicado à realização de cálculos de alto desempenho (HPC), utilizando o conjunto de softwares para gerenciamento de clusters OpenHPC, com o sistema operacional Rocky Linux.

A infraestrutura é gerenciada por meio da ferramenta Warewulf, responsável pelo provisionamento e gerenciamento dos nós computacionais, enquanto os trabalhos são submetidos e gerenciados pelo sistema de filas OpenPBS.

Alguns dos programas e recursos disponíveis são:

Avogadro: Programa para desenhar estruturas e cálculo simples de propriedades moleculares. Tutorial

Linux: Aprenda o básico sobre o uso do terminal do Linux.

Tutorial 1 | Tutorial 2  | Redes e clusters

ORCA: Programa para cálculos de estrutura eletrônica.

Tutorial 1 | Tutorial 2 | Tutorial 3 | Funcionais | Funções de base |

DFT advices

GROMACS: Programa para cálculos de dinâmica molecular.

Tutorial 1 | Tutorial 2 | Dicas | mdp | grompp | mdrun

DinEMol: Dinâmica de elétrons em moléculas, código desenvolvido no grupo de mesmo nome que realiza cálculos de dinâmica molecular e eletrônica. Grupo | Programa | Guia

UCSF Chimera: Sistema de modelagem molecular e visualização.

Tutorial 1 | Tutorial 2 | Tutorial 3 | Docking | Modeller

Gabedit: Software para visualização e preparação de arquivos.

Tutorial 1 | Tutorial 2 | Tutorial 3

PyMOL: Software para visualização e edição de estruturas moleculares. Tutorial 1 | Tutorial 2

PSI4: Software para cálculos de estrutura eletrônica.

Tutorial | Funcionais  |  Funções de base  |  Critérios de convergência

RDKit: Ferramentas para Quimioinformática e aprendizagem de máquina.

Docs | Instalação | Tutorial | ML básico | SMILES

SciPy: Biblioteca de código aberto para a linguagem Python voltada à matemática, ciência e engenharia. Tutorial

Scikit-learn: Biblioteca de aprendizado de máquina de código aberto amplamente usada para o Python.

Keras: Deep learning API designed for human beings, not machines.

LSTM | GRU | Blog

Links úteis:

Python: Linguagem de programação orientada a objetos. Material | Lessons | Consulta | Tutorial

OpenPBS: Sistema de controle de trabalhos e filas em ambientes HPC. Tutorial 1 | Tutorial 2 | Tutorial 3

VMD: Visual molecular dynamics – Programa para visualização e análise de estruturas e trajetórias. Tutorial

PDB-101: Tutorial sobre o formato PDB.

AutoDock Vina: Software para docking molecular. Tutorial | Tutorial 2

SWISS-MODEL: Servidor para modelagem de estrutura e homologia de proteínas.

I-TASSER: Servidor para a predição de estrutura e função de proteínas. Tutorial

OPM: Servidor para arranjos de proteínas em bicamadas lipídicas.

JANPA: Programa para análise NBO. Guia  |  Orca  |  Psi4 |  Tutorial 1 |  Tutorial 2

Interações alvo-ligante: Protein-ligand Interaction Profiler (PLIP)  |  Protein+  |  Tutorial 1

ProBiS: Ferramenta online para a comparação de sítios ativos.

LigBuilder: Docking, preparação e estudo de sítios ativos.