A história da UFPel remonta à Universidade Rural do Sul (URS), cujo surgimento, em 1960, resultou de esforços movidos por professores da Escola de Agronomia Eliseu Maciel, que desde 1957 lutavam por sua criação.
O decreto que criava a Universidade Rural do Sul, vinculada ao Ministério da Agricultura, era composto pela centenária Escola de Agronomia Eliseu Maciel, Escola Superior de Ciências Domésticas, Escola de Veterinária, Escola de Pós-Graduação e pelo Centro de Treinamento e Informação (Cetreisul), considerado uma unidade acadêmica.
Em 1967, o decreto nº 60.731 federaliza a Universidade Rural do Sul, sendo transferida para o Ministério da Educação e Cultura, passando a denominar-se Universidade Federal Rural do Rio Grande do Sul (UFRRS), e as unidades passam de cursos a faculdades.
Em 1968, foi criada uma comissão composta por professores e acadêmicos, destinada a estudar e propor a reestruturação da universidade.
Assim, em 8 de agosto de 1969, o Presidente da República assinou decreto que transformou a Universidade Federal Rural do Rio Grande do Sul, em Universidade Federal de Pelotas (UFPel), composta pelas Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel, Faculdade de Veterinária, Faculdade de Ciências Domésticas, Faculdade de Direito (fundada em 1912), Faculdade de Odontologia (1911) – as duas últimas pertencentes à Universidade Federal do Rio Grande do Sul, e o Instituto de Sociologia e Política (ISP), fundado em 1958. E outras instituições particulares que existiam em Pelotas foram agregadas à UFPel, como o Conservatório de Música de Pelotas, a Escola de Belas Artes Dona Carmen Trápaga Simões e o Curso de Medicina do Instituto Pró-Ensino Superior no Sul do Estado (Ipesse). E, no mesmo ano, o Conjunto Agrotécnico Visconde da Graça (CAVG), também passou a fazer parte da UFPel.
De sua parte, a Faculdade de Ciências Domésticas deu origem a outras unidades, como a Faculdade de Educação, o Curso de Química de Alimentos e a Faculdade de Administração e de Turismo. Foi responsável também pela criação do Serviço de Informação e Orientação ao Consumidor (Siocon), que atuou durante 18 anos em Pelotas, na educação e defesa do consumidor. O objeto de estudo da Faculdade de Ciências Domésticas sempre foi a família, principalmente a de baixa renda. Formava profissionais bacharéis e licenciados para ensino de 1º e 2º graus. Teve seu último vestibular em 1997. Suas memórias fazem parte das raízes da UFPel.
A Universidade Federal de Pelotas teve como primeiro reitor o professor Delfim Mendes Silveira, diretor da Faculdade de Direito, o qual administrou a Universidade até 1977. Em sua gestão a UFPel expandiu-se, tanto em número de cursos quanto de alunos, estruturando-se como universidade e construindo o seu campus nas instalações da antiga UFRRS, junto à Faculdade de Agronomia.
Na sequência, ocuparam o cargo de reitor os professores Ibsen Wetzel Stephan(1977-1981), José Emílio Gonçalves Araújo(1982-1984), Ruy Brasil Barbedo Antunes(1984-1988), Amílcar Goyhenex Gigante(1989-1993), Antonio Cesar Gonçalves Borges(1993-1997), Inguelore Scheunemann de Souza(1997-out/2004), André Luiz Haack(dez/2004 a janeiro/2005 – pro tempore), Antonio Cesar Gonçalves Borges(2005-2009 e 2009-2013) e Mauro Augusto Burkert Del Pino (atual).
Como vice-reitores, figuram os nomes dos professores Renato Rodrigues Peixoto, Alexandre Valério da Cunha, Guido Kaster, Clinéa Campos Langlois, Léo Zilberknop, Paulo Eduardo Brenner Soares, Luiz Henrique Schuch, Daniel de Souza Soares Rassier, José Carlos da Silveira Osório, Jorge Luiz Nedel, André Luiz Haack, Telmo Pagana Xavier, Manoel Luiz Brenner de Moraes, Carlos Rogério Mauch e Denise Gigante (atual).
A administração superior da UFPel compõe-se do Conselho Diretor da Fundação(Condir); Conselho Universitário(Consun); Conselho Coordenador do Ensino, da Pesquisa e Extensão(Cocepe); e Reitoria.
UFPel: Uma história escrita em três séculos
Estruturação e desenvolvimento
A relação com a comunidade e os desdobramentos políticos
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