Segundo o professor e historiador, Mário Osório Magalhães (falecido em 2012), em seu livro “UFPel: 30 Anos”, após a criação da UFPel, iniciou-se o período de estruturação da Universidade, com a implantação dos seus órgãos administrativos, a reformulação e adequação das antigas unidades e a criação dos institutos básicos necessários ao seu funcionamento. Os relatos são subsidiados pelo artigo da professora do ICH e coordenadora do Núcleo de Documentação Histórica da UFPel, professora Beatriz Ana Loner, intitulado “Um breve histórico” (págs. 29 a 48).
De acordo com as informações contidas no artigo, foram então criados o Instituto de Ciências Humanas, o Instituto de Biologia, o Instituto de Química e Geociências, o Instituto de Física e Matemática e o Instituto de Letras e Artes, todos previstos no decreto nº 65.881/69, que estabeleceu a estrutura da nova Universidade.
As demais unidades foram surgindo ao longo dos anos, algumas a partir de novas necessidades, surgidas no campo do ensino e pesquisa; outras, pelo desmembramento de cursos no interior de unidades estabelecidas, vindo a constituir-se em novas unidades.
Assim, a Faculdade de Arquitetura e Urbanismo surgiu em 1988, desvinculando-se do Instituto de Letras e Artes, que, por sua vez, havia sido criado em 1970, como Instituto de Artes, abrangendo a antiga Escola de Belas Artes, D. Carmen Trápaga Simões.
A Reforma do Ensino, criando a necessidade de que se formassem profissionais nessa nova área, estimulou a criação da Escola Superior de Educação Física, que data de 1971. As disciplinas da área de pedagogia, que se encontravam ligadas à Faculdade de Ciências Domésticas, deram origem a uma unidade específica, a Faculdade de Educação, constituída em 1976.
A Faculdade de Enfermagem e Obstetrícia (hoje Faculdade de Enfermagem) originou-se do curso de Enfermagem, transformando-se em unidade independente em 1988. O curso de Nutrição foi criado em 1974, vinculado à Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel e, depois, à Faculdade de Medicina, transformando-se em Faculdade de Nutrição em 1988.
A Engenharia Agrícola iniciou seu curso em 1973, o primeiro do gênero no país; foi transformada em Faculdade no ano de 1988. O curso de Meteorologia iniciou suas atividades em 1979, para atender à demanda de profissionais para a região sul do Brasil, transformando-se em faculdade em 1989.
Como órgãos suplementares, faziam parte da UFPel, segundo o Estatuto da Fundação, a Estação Experimental de Piratini, A Estação Experimental da Palma, o Centro de Treinamento e Informação do Sul (Cetreisul), a Imprensa Universitária, a Biblioteca Central, o Museu, e a Casa para Estudantes. Como órgãos complementares, constavam o Colégio Agrícola Visconde da Graça e o Colégio de Economia Doméstica Rural.
O processo de unificação dos cursos, unidades e órgãos dos mais variados, que formavam o espólio recebido pela nova universidade, não foi tarefa fácil de ser executada. Isso porque a própria forma de sua criação e o momento político em que ela ocorreu não permitiram que o seu desenvolvimento seguisse um plano diretor. Sendo assim, não havia como unificar setores, anteriormente isolados, com regimes e experiências diferentes, num todo harmônico e coerente, dentro de uma proposta universitária pensada e gestada pelas comunidades interna e externa.
Nascida no contexto da Reforma Universitária de 1968, a UFPel buscou adequar-se aos seus parâmetros, os quais nortearam a sua implantação e os seus primeiros passos, até que o processo de redemocratização política do país sinalizasse novos rumos para as universidades públicas brasileiras.
A exemplo do que ainda acontece nos dias atuais, uma das principais questões que monopolizava as atenções nas primeiras décadas de existência da Universidade era a inadequação da estrutura física, dividida em vários locais, dos quais o principal ficava no município do Capão do Leão (emancipado de Pelotas em 1982), compreendendo a Reitoria e demais órgãos administrativos – transferidos do histórico prédio utilizado inicialmente, na praça Sete de Julho –, algumas faculdades e cursos básicos. Além desses, existiam várias outras unidades espalhadas pela zona urbana, além do CAVG, localizado quase em polo oposto da cidade.
No entanto, as dificuldades de ordem internas e financeiras se fizeram sentir, impedindo mudanças definitivas na localização espacial da UFPel, situação que perpassou todas as gestões administrativas. Por fim, a instituição resignou-se a ter vários campi, distribuídos entre a zona urbana e rural.
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