(compilei as dúvidas e problemas até o momento) Em negrito o que foi alterado desde o post original.

Ebopp: Segundo alguns colegas RESOLVIDO. Turmas 2 e 4. Verifiquem qual encaixa no horário da turma e solicite a vaga. Ela consta nas disciplinas universais (quase no final da lista). Quem tinha esse problema marque essa opção também e salve novamente.
Análise e Gestão integrada de Bacias hidrográficas: PROBLEMA ANTERIOR RESOLVIDO. Quem do bacharel precisava basta se cadastrar.
Topografia: não teremos, até o momento, turma de topografia, portanto quem se cadastrou naquela turma de 1 vaga saia por favor, ela não existirá. SE acontecer de conseguirmos, farei uma relação durante o semestre e será bastante divulgado.
Turmas de monografia: PUBLICADO no outro post do blog
Pedologia: Matrícula será feita no período de correção, presencialmente
Turmas de estágio supervisionado do ensino médio: distribuam-se entre as 3 turmas, não superem as vagas da 1a turma pois terá que posteriormente se matricular no período de correção.
Disciplinas pendentes do 1o semestre da licenciatura: elas não aparecerão no cobalto. A matrícula delas será no período de correção de matrícula por ordem de chegada.
Disciplinas pendentes do 2o semestre do bacharel: EDITADO: ficará 10 vagas para cada turma, possíveis vagas adicionais somente no período de correção de matrícula por ordem de chegada (a prioridade é dos alunos que estão ainda cursando o 1o do bacharel)

A CRA está solucionando os problemas que estou solicitando, então acompanhem aqui se o problema está resolvido.