O CISAS é composto por oito (8) laboratórios Multiusuários, cujas descrições e equipamentos podem ser obtidos a seguir:
- Laboratório de Biopolímeros e Nanotecnologia de Alimentos
- Laboratório de Ultracongelamento e Armazenamento de Amostras
- Laboratório de Tecnologias Avançadas em ensaios químicos e biológicos
- Laboratório de Computação Científica e Processamento de Pelotas
- Laboratório de Bioinsumos, Bioprodutos e Protótipos
- Laboratório de Preparação e Extração
- Laboratório de Nanotecnologia
- Laboratório de Biologia Molecular Agroalimentar Avançada
Além destes, os seguintes Laboratórios cadastrados na Plataforma Nacional de Infraestrutura de Pesquisa MCTI (PNIPE) estão relacionados do Centro:
| Laboratório de Nutrição Animal | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/8607 | |
| Central Analítica da UFPel (CA-UFPel) | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/2980 | |
| LAB-Equinos – Laboratório da Clínica Médica de Equinos – UFPel | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/4792 | |
| Lab_Agrotec – Laboratório de Agrotecnologia | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/5797 | |
| LaBMol-Vet – Laboratório de Biologia Molecular Veterinária | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/6056 | |
| LabMS – Laboratório de Metabolismos Secundário | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/4142 | |
| LabDinâmica – Laboratório de Dinâmica de Herbicidas | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/6033 | |
| Lacem-UFPel – Laboratório de Cromatografia e Espectrometria de massas | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/3021 | |
| BioNano – Laboratório de Biopolímeros e Nanotecnologia em Alimentos | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/4793 | |
| Labvir- – Laboratório de Virologia e Imunologia | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/4655 | |
| Lab. Vac. – Laboratório de Vacinologia | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/13028 | |
| Lab. Andrologia Animal | https://pnipe.mctic.gov.br/laboratory/4516 |