{"id":47,"date":"2020-05-08T15:15:32","date_gmt":"2020-05-08T18:15:32","guid":{"rendered":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/ligccqfa\/?page_id=47"},"modified":"2026-03-27T13:17:23","modified_gmt":"2026-03-27T16:17:23","slug":"espaco","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/ligccqfa\/espaco\/","title":{"rendered":"Espa\u00e7o"},"content":{"rendered":"

O espa\u00e7o do LIG cont\u00e9m 20 computadores com acesso \u00e0 internet e diversos programas, nos sistemas operacionais Windows e Linux.<\/p>\n

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Alguns dos programas e recursos dispon\u00edveis s\u00e3o:<\/p>\n

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Avogadro<\/strong>: Programa para desenhar estruturas e c\u00e1lculo simples de propriedades moleculares. Tutorial<\/a><\/p>\n

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\"\"<\/strong>Linux<\/strong>: Aprenda o b\u00e1sico sobre o uso do terminal do Linux.<\/p>\n

Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a>\u00a0 | Redes<\/a> e clusters<\/a><\/p>\n

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\"\"ORCA<\/strong>: Programa para c\u00e1lculos de estrutura eletr\u00f4nica.<\/p>\n

Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a> | Tutorial 3<\/a> | Funcionais<\/a> | Fun\u00e7\u00f5es de base<\/a> |<\/p>\n

DFT advices<\/a><\/p>\n

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\"\"<\/strong><\/p>\n

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GROMACS<\/strong>: Programa para c\u00e1lculos de din\u00e2mica molecular.<\/p>\n

Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a><\/p>\n

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\"\"<\/p>\n

UCSF Chimera<\/a>:<\/strong> Sistema de modelagem molecular e visualiza\u00e7\u00e3o.<\/p>\n

Tutorial b\u00e1sico 1<\/a> | Tutorial b\u00e1sico 2<\/a> |<\/p>\n

Tutorial de modifica\u00e7\u00e3o de res\u00edduos 1<\/a> e Parte 2<\/a> | Modeller<\/a><\/p>\n

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\"\"<\/p>\n

Gabedit<\/strong><\/a>: Software para visualiza\u00e7\u00e3o e prepara\u00e7\u00e3o de arquivos.<\/p>\n

Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a> | Tutorial 3<\/a><\/p>\n

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\"\"<\/p>\n

DinEMol<\/strong><\/a>: Din\u00e2mica de el\u00e9trons em mol\u00e9culas, c\u00f3digo desenvolvido no grupo de mesmo nome que realiza c\u00e1lculos de din\u00e2mica molecular e eletr\u00f4nica. Grupo<\/a> | Programa<\/a> | Guia <\/a><\/p>\n

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\"\"<\/a><\/strong><\/p>\n

PyMOL<\/a><\/strong>: Software para visualiza\u00e7\u00e3o e edi\u00e7\u00e3o de estruturas moleculares. Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a><\/p>\n

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\"\"<\/p>\n

PSI4<\/a><\/strong>: Software para c\u00e1lculos de estrutura eletr\u00f4nica. Tutorial<\/a><\/p>\n

Funcionais<\/a>\u00a0 | \u00a0Fun\u00e7\u00f5es de base<\/a>\u00a0 | \u00a0Crit\u00e9rios de converg\u00eancia<\/a><\/p>\n

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\"\"<\/p>\n

RDKit<\/a>:<\/strong> Ferramentas para Quimioinform\u00e1tica e aprendizagem de m\u00e1quina. Docs<\/a> | Instala\u00e7\u00e3o<\/a> | Tutorial<\/a> | ML b\u00e1sico<\/a> | SMILES<\/a><\/p>\n

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Links \u00fateis:<\/strong><\/p>\n

PDB-101<\/a>: Tutorial sobre o formato PDB.<\/p>\n

SWISS-MODEL<\/a>: Servidor para modelagem de estrutura e homologia de prote\u00ednas.<\/p>\n

I-TASSER<\/a>: Servidor para a predi\u00e7\u00e3o de estrutura e fun\u00e7\u00e3o de prote\u00ednas. Tutorial<\/a><\/p>\n

OPM<\/a>: Servidor para arranjos de prote\u00ednas em bicamadas lip\u00eddicas.<\/p>\n

VMD<\/a>: Visual molecular dynamics – Programa para visualiza\u00e7\u00e3o e an\u00e1lise de estruturas e trajet\u00f3rias. Tutorial<\/a><\/p>\n

AutoDock Vina<\/a>: Software para docking molecular. Tutorial<\/a> | Tutorial 2<\/a><\/p>\n

JANPA<\/a>: Programa para an\u00e1lise NBO. Guia<\/a>\u00a0 |\u00a0 Orca<\/a>\u00a0 |\u00a0 Psi4<\/a> |\u00a0 Tutorial 1<\/a> |\u00a0 Tutorial 2<\/a><\/p>\n

Intera\u00e7\u00f5es alvo-ligante: Protein-ligand Interaction Profiler (PLIP)<\/a>\u00a0 |\u00a0 Protein+<\/a>\u00a0 |\u00a0 Tutorial 1<\/a><\/p>\n

Python: Linguagem de programa\u00e7\u00e3o orientada a objetos. Material<\/a> | Lessons<\/a><\/p>\n

ProBiS<\/a>: Ferramenta online para a compara\u00e7\u00e3o de s\u00edtios ativos.<\/p>\n

LigBuilder<\/a>: Docking, prepara\u00e7\u00e3o e estudo de s\u00edtios ativos.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

O espa\u00e7o do LIG cont\u00e9m 20 computadores com acesso \u00e0 internet e diversos programas, nos sistemas operacionais Windows e Linux.   Alguns dos programas e recursos dispon\u00edveis s\u00e3o: Avogadro: Programa para desenhar estruturas e c\u00e1lculo simples de propriedades moleculares. Tutorial     Linux: Aprenda o b\u00e1sico sobre o uso do terminal do Linux. Tutorial 1 […]<\/p>\n","protected":false},"author":937,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_crdt_document":"","footnotes":""},"class_list":["post-47","page","type-page","status-publish","hentry"],"jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/ligccqfa\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/47","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/ligccqfa\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/ligccqfa\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/ligccqfa\/wp-json\/wp\/v2\/users\/937"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/ligccqfa\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=47"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/ligccqfa\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/47\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":189,"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/ligccqfa\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/47\/revisions\/189"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/ligccqfa\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=47"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}