{"id":4,"date":"2026-08-04T15:19:32","date_gmt":"2026-08-04T18:19:32","guid":{"rendered":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/getmol\/?page_id=4"},"modified":"2026-08-20T13:26:33","modified_gmt":"2026-08-20T16:26:33","slug":"ferramentas","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/getmol\/ferramentas\/","title":{"rendered":"Ferramentas"},"content":{"rendered":"

O grupo disp\u00f5e de um cluster computacional dedicado \u00e0 realiza\u00e7\u00e3o de c\u00e1lculos de alto desempenho (HPC), utilizando o conjunto de softwares para gerenciamento de clusters OpenHPC<\/a>, com o sistema operacional Rocky Linux.<\/p>\n

A infraestrutura \u00e9 gerenciada por meio da ferramenta Warewulf<\/a>, respons\u00e1vel pelo provisionamento e gerenciamento dos n\u00f3s computacionais, enquanto os trabalhos s\u00e3o submetidos e gerenciados pelo sistema de filas OpenPBS<\/a>.<\/p>\n

Alguns dos programas e recursos dispon\u00edveis s\u00e3o:<\/p>\n

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Avogadro<\/strong><\/a>: Programa para desenhar estruturas e c\u00e1lculo simples de propriedades moleculares. Tutorial<\/a><\/p>\n

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\"\"<\/strong>Linux<\/strong>: Aprenda o b\u00e1sico sobre o uso do terminal do Linux.<\/p>\n

Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a>\u00a0 | Redes<\/a> e clusters<\/a><\/p>\n

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\"\"ORCA<\/strong><\/a>: Programa para c\u00e1lculos de estrutura eletr\u00f4nica.<\/p>\n

Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a> | Tutorial 3<\/a> | Funcionais<\/a> | Fun\u00e7\u00f5es de base<\/a> |<\/p>\n

DFT advices<\/a><\/p>\n

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\"\"<\/strong><\/p>\n

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GROMACS<\/strong><\/a>: Programa para c\u00e1lculos de din\u00e2mica molecular.<\/p>\n

Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a> | Dicas<\/a> | mdp<\/a> | grompp<\/a> | mdrun<\/a><\/p>\n

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DinEMol<\/strong><\/a>: Din\u00e2mica de el\u00e9trons em mol\u00e9culas, c\u00f3digo desenvolvido no grupo de mesmo nome que realiza c\u00e1lculos de din\u00e2mica molecular e eletr\u00f4nica. Grupo<\/a> | Programa<\/a> | Guia <\/a><\/p>\n

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UCSF Chimera<\/a>:<\/strong> Sistema de modelagem molecular e visualiza\u00e7\u00e3o.<\/p>\n

Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a> | Tutorial 3<\/a> | Docking<\/a> | Modeller<\/a><\/p>\n

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Gabedit<\/strong><\/a>: Software para visualiza\u00e7\u00e3o e prepara\u00e7\u00e3o de arquivos.<\/p>\n

Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a> | Tutorial 3<\/a><\/p>\n

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PyMOL<\/a><\/strong>: Software para visualiza\u00e7\u00e3o e edi\u00e7\u00e3o de estruturas moleculares. Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a><\/p>\n

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PSI4<\/a><\/strong>: Software para c\u00e1lculos de estrutura eletr\u00f4nica.<\/p>\n

Tutorial<\/a> | Funcionais<\/a>\u00a0 | \u00a0Fun\u00e7\u00f5es de base<\/a>\u00a0 | \u00a0Crit\u00e9rios de converg\u00eancia<\/a><\/p>\n

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RDKit<\/a>:<\/strong> Ferramentas para Quimioinform\u00e1tica e aprendizagem de m\u00e1quina.<\/p>\n

Docs<\/a> | Instala\u00e7\u00e3o<\/a> | Tutorial<\/a> | ML b\u00e1sico<\/a> | SMILES<\/a><\/p>\n

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SciPy<\/strong><\/a>: Biblioteca de c\u00f3digo aberto para a linguagem Python voltada \u00e0 matem\u00e1tica, ci\u00eancia e engenharia<\/span>. Tutorial<\/a><\/span><\/p>\n

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\"\"<\/p>\n

Scikit-learn<\/strong><\/a>: Biblioteca de aprendizado de m\u00e1quina de c\u00f3digo aberto amplamente usada para o Python.<\/p>\n

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\"\"<\/p>\n

Keras<\/a><\/strong>: Deep learning API designed for human beings, not machines.<\/p>\n

LSTM<\/a> | GRU<\/a> | Blog<\/a><\/p>\n

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Links \u00fateis:<\/strong><\/h2>\n

Python<\/strong>: Linguagem de programa\u00e7\u00e3o orientada a objetos. Material<\/a> | Lessons<\/a> | Consulta<\/a> | Tutorial<\/a><\/p>\n

OpenPBS<\/strong><\/a>: Sistema de controle de trabalhos e filas em ambientes HPC. Tutorial 1<\/a> | Tutorial 2<\/a> | Tutorial 3<\/a><\/p>\n

VMD<\/a>: Visual molecular dynamics – Programa para visualiza\u00e7\u00e3o e an\u00e1lise de estruturas e trajet\u00f3rias. Tutorial<\/a><\/p>\n

PDB-101<\/a>: Tutorial sobre o formato PDB.<\/p>\n

AutoDock Vina<\/a>: Software para docking molecular. Tutorial<\/a> | Tutorial 2<\/a><\/p>\n

SWISS-MODEL<\/a>: Servidor para modelagem de estrutura e homologia de prote\u00ednas.<\/p>\n

I-TASSER<\/a>: Servidor para a predi\u00e7\u00e3o de estrutura e fun\u00e7\u00e3o de prote\u00ednas. Tutorial<\/a><\/p>\n

OPM<\/a>: Servidor para arranjos de prote\u00ednas em bicamadas lip\u00eddicas.<\/p>\n

JANPA<\/a>: Programa para an\u00e1lise NBO. Guia<\/a>\u00a0 |\u00a0 Orca<\/a>\u00a0 |\u00a0 Psi4<\/a> |\u00a0 Tutorial 1<\/a> |\u00a0 Tutorial 2<\/a><\/p>\n

Intera\u00e7\u00f5es alvo-ligante: Protein-ligand Interaction Profiler (PLIP)<\/a>\u00a0 |\u00a0 Protein+<\/a>\u00a0 |\u00a0 Tutorial 1<\/a><\/p>\n

ProBiS<\/a>: Ferramenta online para a compara\u00e7\u00e3o de s\u00edtios ativos.<\/p>\n

LigBuilder<\/a>: Docking, prepara\u00e7\u00e3o e estudo de s\u00edtios ativos.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

O grupo disp\u00f5e de um cluster computacional dedicado \u00e0 realiza\u00e7\u00e3o de c\u00e1lculos de alto desempenho (HPC), utilizando o conjunto de softwares para gerenciamento de clusters OpenHPC, com o sistema operacional Rocky Linux. A infraestrutura \u00e9 gerenciada por meio da ferramenta Warewulf, respons\u00e1vel pelo provisionamento e gerenciamento dos n\u00f3s computacionais, enquanto os trabalhos s\u00e3o submetidos e […]<\/p>\n","protected":false},"author":1611,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-4","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/getmol\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/4","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/getmol\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/getmol\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/getmol\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1611"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/getmol\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=4"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/getmol\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/4\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":122,"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/getmol\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/4\/revisions\/122"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/wp.ufpel.edu.br\/getmol\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=4"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}