A Universidade Federal de Pelotas representa a regional Sul do CEDEPEM, além de ser a sede do centro.

A Universidade Federal Fluminense representa a regional Sudeste do CEDEPEM, por meio do Núcleo de Estudos Avançados do INEST (NEA/INEST/UFF)

O Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Pernambuco, Campus Caruaru, representa a regional Nordeste do CEDEPEM.

A Universidade Federal de Pernambuco integra a regional Nordeste do CEDEPEM.

A Universidade Federal de Campina Grande integra a regional Nordeste do CEDEPEM.

O Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Amapá representa a regional Norte do CEDEPEM.

A Universidade de Sevilla, por meio do projeto Marine Plan, é parceira do CEDEPEM nos estudos marítimos e das Ciências Sociais.

O Centro de Estudos das Relações Internacionais é parceiro do CEDEPEM.