O curso é composto por um núcleo de disciplinas obrigatórias que incluem as noções básicas de estatística, métodos em pesquisa, ética, além de conceitos em políticas públicas, alimentos e nutrição. Os alunos bolsistas também têm como curso obrigatório a docência orientada, que é ofertada de maneira eletiva aos não bolsistas, desta maneira visando complementar a formação docente do aluno. Além disso, um conjunto de disciplinas eletivas nas diversas áreas de atuação dos professores do curso é ofertado, permitindo ao aluno direcionar sua formação dentro do curso para linha experimental, clínica, epidemiológica ou de análise de alimentos. Dentre as eletivas são valorizadas as áreas de microbiologia, análise de alimentos, nutrição clínica, saúde pública, genética, bioquímica e fisiologia, todas tendo como ênfase sua interface e aplicação a ciência da nutrição.

Além disso, a UFPel conta com um sistema online de matrículas que permite aos alunos de um PPG se matricularem com facilidade em disciplinas de outro PPG e aproveitar estes créditos de maneira integrada. Assim, vários alunos do PPGNA têm complementado sua carga horária em disciplinas eletivas com créditos obtidos em cursos afins como Epidemiologia, Ciência e Tecnologia de Alimentos, Biotecnologia, Veterinária e Antropologia, o que tem sido estimulado entre alunos para que busquem uma formação mais interdisciplinar e direcionadas a ao seu projeto de dissertação.