O Núcleo de Documentação Histórica da UFPel foi fundado no ano de 1990, pela professora Beatriz Ana Loner, tendo como objetivo inicial organizar o acervo da própria universidade, o qual estava disperso dentre seus vários cursos de graduação e de pós-graduação. Para sua criação foi aproveitada uma demanda da Reitoria da UFPel da época (reitor Amilcar Gigante) por um local que também guardasse a documentação sobre a história da universidade.
O NDH/UFPel teve sua sede localizada, desde o início, no Instituto de Ciências Humanas. Quando foi criado era o único centro de documentação funcionando na cidade de Pelotas, a qual, com exceção da Biblioteca Pública Pelotense, não possuía nenhum arquivo histórico e apenas contava com três museus específicos de artes e coleções de animais, vinculados à própria Universidade Federal de Pelotas.
Ao longo de sua existência, se conseguiu organizar um importante acervo sobre os movimentos sociais e políticos da região, enquanto suas equipes de pesquisadores docentes, com o auxílio de alunos bolsistas e voluntários e técnico-administrativos, levaram a efeito várias pesquisas, a maioria sobre história social dos trabalhadores gaúchos e suas condições de vida e trabalho durante o período imperial e republicano.
Com relação a estas pesquisas, o material recuperado por elas também permaneceu arquivado no Núcleo, sendo em sua maioria composto de arquivos digitais, que continuam, mesmo após o término das pesquisas originárias, servindo para outros trabalhos das equipes do NDH.
Conseguiu-se arrecadar, até agora, um grande número de documentos, periódicos, atas, panfletos, programas e demais publicações de sindicatos e associações da cidade, partidos políticos e movimentos sociais variados. Fotos, vídeos e outras formas de registro das atividades político-sociais dos últimos anos também têm sido objeto de políticas de resguardo do Núcleo, de forma que se tem atualmente um conjunto amplo e diferenciado de materiais para a guarda e o subsídio de pesquisas próprias ou de pesquisadores e interessados de fora.
Assim, o NDH virou um referencial para a preservação de materiais em suporte papel, na cidade de Pelotas, muitas vezes superior a seu espaço físico e possibilidades de tratamento, mas que são aceitos, pois a outra opção seria, simplesmente, a eliminação física desses documentos.
Com isso, cedo atraiu para si a responsabilidade da guarda de numerosos acervos particulares, de revistas, jornais, boletins e documentos, especificamente aqueles oriundos de movimentos sociais e sindicais, revistas e jornais alternativos e documentação de eleições e movimentos partidários. Através de convênios, foi resguardada, também, parte do Acervo do Diretório Municipal do Partido dos Trabalhadores e se tem em comodato o arquivo do Diretório Central de Estudantes da UFPel e do antigo Grêmio da Escola Técnica Federal de Pelotas, atual Instituto Federal Sul-Rio-Grandense.
Atualmente os acervos mais importantes são aqueles vinculados à história dos trabalhadores: Documentação da Justiça do Trabalho de Pelotas, entre os anos de 1941 e 1995; Acervo da Delegacia Regional do Trabalho, entre os anos de 1933 e 1968; Material da antiga Fábrica Laneira, cuja falência foi decretada em 2003 e o Laboratório de História Oral, o qual reúne mais de uma centena de entrevistas.